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利用454技术进行结核杆菌全基因组测序有效追踪疫情传播

2018-11-26 10:04:33

众所周知,肺结核多数是由结核分枝杆菌感染肺部引起的肺部感染性疾病,已成为一个严重威胁人类健康的疾病。世界卫生组织(WHO)统计表明,全世界每年发生结核病800~1000万,每年约有300万人死于结核病,是造成死亡人数多的单一传染病。1993年WHO宣布“全球结核病紧急状态”,认为结核病已成为全世界重要的公共卫生问题。我国是世界上结核疫情严重的国家之一。

然而细菌也一直处于不断突变及进化的过程中,要对症下药就需要知道细菌的准确分型。传统的细菌分型技术仅针对细菌的某几个基因进行检测,在传染病疫情爆发时往往缺乏更具体的信息,于是在全基因组测序费用不断下降的现在,研究者们也在尝试用新一代的检测技术对细菌进行分型,以发现传染病爆发的传播模式和几率。

近期,据《PLoS Medicine》杂志报道,有研究者们利用454技术对86例人结核分枝杆菌进行了全基因组测序,并与传统分型技术结果进行了比较。这86例细菌是从1997年和2010年两次爆发的2301个结核病患者身上分离出来的。通过新一代测序技术的检测结果,研究者们表示,全基因组测序法揭示了次结合爆发所分离的人结核分枝杆菌不属于近爆发的结合杆菌传播链,另外通过计算估计出人结核分枝杆菌每2.5年会发生1个发生突变,这表明细菌在感染的人群中倍增的时间为22小时或每年400代,因此,只有通过全基因组测序进行细菌分型才能够提供准确的关于结核分枝杆菌爆发的相关流行病信息。

参考文献:Roetzer A, Diel R, Kohl TA, Ru¨ckert C, Nu¨bel U, et al. (2013) Whole Genome Sequencing versus Traditional Genotyping for Investigation of aMycobacterium tuberculosisOutbreak: A Longitudinal Molecular Epidemiological Study. PLoS Med 10(2): e1001387. doi:10.1371/ed.1001387


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